Был ассистентом у Вячеслава Быкова, с которым выиграл Кубок Гагарина, а затем вошел в тренерский штаб Андрея Назарова. В октябре 2015 года после отставки Назарова Сергей Зубов был назначен главным тренером СКА, с которым вышел в полуфинал плей-офф КХЛ.