В 2014 году Мануэл Фернандеш подписал долгосрочный контракт с московским «Локомотивом», где и выступал до последнего времени. В составе «железнодорожников» он выиграл Премьер-лигу (2018) и стал трехкратным обладателем Кубка России (2015, 2017, 2019).