Юсупов перешел в «Зенит» из московского «Динамо» в 2015 году. Всего он провел за петербургский клуб 55 встреч, забил два мяча и сделал пять голевых передач. В прошлом сезоне футболист отыграл в 17 матчах чемпионата России, в десяти из них выйдя на замену по ходу встречи.